行政院「自由經濟示範區」規劃4大產業,其中「農產加值運銷區」內,業者不僅使用台灣農產品加工,也可引進中國農產品加工;從本區出口的產品,無分別的打上MIT,更將影響台灣辛苦建立的產品形象。農民團體質疑馬政府轉口貿易嘉惠農民的說法與現實相悖,更開放的進口政策無非是飲鴆止渴。
為了加入(泛太平洋戰略經濟夥伴關係協定)、FTA (自由貿易協定Free Trade Agreement)等各種區域整合計畫,政府以自由經濟示範區計畫應對,除了農產加值運銷,也將放寬外籍與中國白領階級來台工作限制,加上減免各種租稅。經濟部雖評估加入TPP,農業1年損失新台幣700億元,卻遭農委會主委陳保基以「不足採信」一句話反駁,顯示馬政府內部出現歧異。